环境与生物工程学院是2016年8月学校二级机构调整而组建的二级学院，是由原环境与资源系与生物工程系的食品、药品类专业合并而成。

我院于1984年创办环境类专业，也是全国同类学校中最早开设环境类专业的院校之一。1997年成立环保学科，2003学校升格为高职院，正式成立环境与资源系。2005年环保专业被确定为院级重点专业；2008年被确定为省特色专业建设点；2011年被确定为省级示范性高职院校重点建设专业；并获得国家级“农业环境与农产品安全检测基地”建设立项；2012年被省教育厅立项为重点建设专业（群），并获“省高等职业教育实训基地”建设立项；2013年获国家级“环境保护与资源利用技术实训基地”建设立项；同时承担国家专业资源库“培训资源”分项目建设；2015年11月牵头成立了江苏环保产业职教联盟。2012年、2014年学生连续两届获得全国职业院校技能大赛水环境监测与治理技术赛项中荣获团体一等奖，并先后获江苏省第五届“十佳职业规划之星”一等奖、江苏省职业院校学生创新大赛一等奖、江苏省教育厅优秀毕业论文一等奖、优秀团队奖等。目前主要开设有环境工程技术、环境监测与控制技术、环境评价与咨询服务、应用化工技术、工业分析与检验等专业。其中环境工程技术包括高中后三年制、“3+2”专本衔接、初中后五年一贯制等办学学制。

建立在原生物技术专业基础上的食品、药品类专业，其前身为农业生物技术（原农学专业）经过了数十年的发展，积累了深厚的专业底蕴。食品、药品类专业开设于二十一世纪初，2005 年被学校确定为重点建设专业，并在近年来在专业质量工程建设中成绩斐然，2012年相关专业获“十二五”重点建设专业群立项，近年中学生在“盼盼食品杯”第六届全国职业院校西点创意大赛中获得金奖，在江苏省食品安全知识与检测技能大赛一等奖。目前开设专业主要有食品加工技术、食品营养与检测、农产品加工与质量检测、药品生物技术、药品经营与管理等专业。其中药品生物技术于2015年与南通大学开展“3+2”专本衔接人才培养。

环境与生物工程学院现有教职工45人，博士5名，硕士30名。教授4名，副教授16名，30多人有国（境）外学习经历，省“六大人才高锋”培养对象2人，4人为江苏省“333高层次人才培养工程”中青年科学技术带头人，省青蓝工程学术带头2人，省青蓝工程学术骨干老师8人，南通市“226高层次人才培养工程”中青年创新创业领军人才1人，南通市“226高层次人才培养工程”中青年科学技术带头人5人。江苏省先进工作者1人，市级以上教学名师2人。并有南通市环保产业协会、环境科学学会、食品营养等协会副理事长、理事等共5名，多人为行业专家。近年来，团队主持或参与的国家、省市科研课题50多项。其中，主持国家自然科学基金项目2项、参与国家自然科学基金研究4项、主持省教育厅自然科学基金1项、省六大人才项目2项；主持或参与市科研项目35项，与企业合作课题15项。另外，主持省教育厅教改课题6项、全国农业职业教育教改课题8项。教学科研取得了丰硕的成果。近几年来，发表教科研论文120多篇，其中，被SCI收录论文16篇。获环保类科技二等奖、南通市科技一等奖等科研成果奖10 多项，以及全国农职教成果一等奖、省级教学成果一、二等奖等教研成果奖23 项。

学院有着优良的实训环境。拥有“农业环境与农产品安全检测”、“环境保护与资源利用技术”两个国家级实训基地；以及“环境保护与资源利用技术”、江苏省高等职业教育产教深度融合平台“环境分析测试中心”两个省级实训基地。实训设备总值1500多万元，实训面积6000多 m2。同时拥有“江苏省农村环境污染防治工程技术研究开发中心”、“南通市生物技术重点实验室”、“南通市农业环境污染防治科技服务平台”、“南通市固体废物处理与利用重点实验室”等多个科技平台。实训基地同时也是南通市环保行业职业技能培训与鉴定定点机构。