为推进校园文化建设，提升学院文化品位，南通科技职业学院整合校内外资源，建设了农业教育博物馆。博物馆已是对社会大众及大中小学生进行科普教育的重要基地，被正式列入南通博物馆名录，是江苏省科普教育基地、南通科技馆分馆、南通市社会科学普及示范基地、南通市生态农业科普基地、南通市爱国主义教育基础和成年人思想道德建设示范活动基地。

农业教育博物馆一体五翼，一体指主馆，五翼指刘瑞龙纪念馆、生物标本分馆、植物花卉分馆、蓝印花布馆、通派盆景园。其中蓝印花布馆是国家级非物质文化遗产传承基地，通派盆景园为地市级非遗保护项目。

主体馆于2010年12月建成，总建筑面积约700M2，主要展示了中华农耕文明史的六个历史时期，系统展现中华5000多年农耕文明历史，展出古农具120多件，全景式展现中国从远古到现代农业教育的发展历程，介绍了农业教育史、农业教育发展成果以及大学生农业生态类科技创新作品等。

刘瑞龙纪念馆座落于图书馆内，占地近300平米，是为纪念南通籍无产阶级革命家，原农业部副部长刘瑞龙而建，原江苏省副省长凌启鸿、南通市副市长杨展里等领导出席开馆仪式并为纪念馆揭牌。纪念馆包括瑞龙藏书、刘瑞龙纪念展、延东同志赠书、书画作品展等，收集了刘瑞龙同志一生珍贵照片200多幅。纪念馆长期对学生和社会开放，成为新生入学教育和对青少年进行爱国主义教育的重要内容。纪念馆建设成效显著，由于史料丰富，2010年9月，学院联合南通博物苑、党史办举办了刘瑞龙百年诞辰纪念特展，来通参加刘瑞龙百年诞辰纪念活动的刘延东同志以及彭小枫、梁保华等观看了展览并给予了高度评价。此外，落成了刘瑞龙塑像，刘老的三女儿刘延宁来校参加了塑像落成典礼。建设了瑞龙文化广场，著名国画大师范扬先生欣然为广场题词。开通了专题网站，全面展示刘瑞龙光辉的一生。纪念馆的建设进一步增加了校园文化的厚重感，对我院师生的影响潜移默化。

生物标本馆主要展出昆虫与水生生物标本。馆内收藏了近千种昆虫标本，按系统分类与生物学特性分别展出，其中包括国家二级保护动物中华虎凤蝶在内的200多种蝴蝶堪称一绝，色彩斑澜、轻盈飘逸。300多种水生生物标本按鱼、虾、蟹、贝类等分区展出，丰富多彩、充满神奇，这里既有大家熟知的四大家鱼、长江四鲜，也有海洋野生珍稀品种库氏砗磲、红珊瑚，还有“活化石”之称鹦鹉螺、“海底鸳鸯”——鲎，它们已在地球上生存了数亿年之久。

植物花卉分馆分园艺植物图片、台制标本、种子标本、浸制标本等展区，涉及百科千种植物共计3500多件，展示了观赏树木、花卉、果树、蔬菜、大田作物及常见杂草标本。本馆标本选择以江苏及周边地区的主要园艺植物为主，兼顾了教学、生产、科研上的应用性和植物分类上的多样性，共展出园艺植物图片约2500多张、台制标本250多张、种子标本600多份、浸制标本200多瓶。其中观赏树木、花卉、果树图片标本采用自然分类法排列，初步系统地展示了高等植物在江苏及周边地区的大致分布情况。花艺由东方式插花（中国传统插花和日本花道）、西方式插花（西方式传统插花和现代插花）、现代花艺设计艺术和礼仪装饰插花艺术四部分组成，作品共110余件。展示的插花作品或写实、或夸张，将丰富多彩的文化内涵和艺术创造融进插花之中，充满诗情画意。

学院作为一所高职院校，非常注重与非遗项目、地方文化项目的对接。蓝印花布传承基地是2012年引进的国家级非物质文化遗产项目，包含了蓝印花布生产的各个技艺，学院专门为期新建了300平米场所用于对优秀文化的保护。通派盆景园于2012年初引进入校后，现已经成为市级非遗保护项目。

农业博物馆建成后，既是学院的教学基地，又是科普宣传基地，参观者有美国、日本、台湾等地友人，有省市上级部门的领导，有来自安徽、陕西等省市的兄弟院校、兄弟单位的朋友，更有来自省内兄弟院校的考察团、访问者。博物馆每年面向2000余名新生开展入学教育，免费面向崇川区社区居民开展科普宣传，作为崇川区科普基地，每年接待大批辖区中小学生，博物馆年接待参观近3万人次。