一直以来，共青团南通农业职业技术学院委员会在学院党委和团省、市委的领导下，在各系、各部门大力支持下，带领全院各级团组织和团员青年，高举中国特色社会主义伟大旗帜，以邓小平理论和“三个代表”重要思想为指导，深入贯彻落实科学发展观，秉承和发扬“团结协作、艰苦奋斗、乐于奉献、追求卓越”的通农精神和“求真、求实、求精、求新”的校训，锐意进取，不断开创学院共青团工作新局面。
自共青团南通农业职业技术学院第一次代表大会召开以来，学院各级团组织坚持以邓小平理论、“三个代表”重要思想为指导，牢固树立和落实科学发展观，紧紧围绕学院中心工作，深入实施“思想引领、志愿服务、文化育人、爱心、典型选树”五大工程，为促进青年学生全面成长成才作出了积极的贡献。不断创新工作形式和内容，创建了大学生科技文化艺术节、大学生社团节、暑期社会实践、“身边的榜样”校园之星评选活动、刘瑞龙思想研习社、创业论坛、大学生艺术团等品牌活动和项目，受到了上级团组织的好评和全院青年的喜爱，获江苏省五四红旗团委标兵、江苏省团建示范点、南通市五四红旗团委标兵、南通市十佳团组织等荣誉称号。
团委下设组织部、宣传部、志愿者工作部和七个系部团总支，1个社团团总支和1个教工直属团支部。
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